Если не брать во внимание мало кем признаваемые гипотезы о том, что в момент основания Томска Ушайкой называлась река Басандайка или Большая Киргизка, то можно утверждать общепризнанным мнение о том, что «знатной вышины пригорок», недалеко от устья Ушайки, который «высмотрели» по наказу Бориса Годунова прибывшие на земли эуштинцев казаки, для «становления города» — это Воскресенская гора. Более точное местоположение первой томской крепости вызывает споры, хотя ещё в 1966 году городской архитектор Л. Окулов указал этим местом южный мыс Воскресенской горы, где в том же году был установлен памятный камень[10][9][4][11][3]. Однако, со мнением Окулова не согласна историк-археолог Мария Чёрная, под чьим руководством проводились раскопки на южном мысе, в результате которых на этом месте остатков первой томской крепости не обнаружено, впрочем, в документе по материалам раскопок, несмотря на его преамбулу, чётких доказательств невозможности основания Томска на этом месте нет[12].
К 7 октября 1604 года все строительные работы были завершены[13]. Однако, к 1648 году первый острог пришёл в негодность, и на южном мысе Воскресенской горы, возвышающейся над правым берегом Томи, в 60 километрах от её впадения в Обь и недалеко от устья таёжной речки Ушайки, был выстроен новый острог.[12] Томск стал важным стратегическим военным центром, в течение всего XVII века обеспечивавшим безопасность местного населения — в 1614, 1617, 1657 и 1698 годах отражал набеги кочевников[14].